三代测序主要以单分子纳米孔测序（ONT）为核心代表，属于第三代实时单分子测序技术，彻底区别于一代Sanger测序与二代NGS高通量测序。其核心原理为利用纳米孔通道的电信号传感机制，无需PCR扩增、无需荧光标记，直接对天然全长DNA/RNA单分子进行实时测序，通过核酸分子穿过纳米孔时产生的特异性电流波动，精准识别碱基类型及表观修饰信息，是目前长读长测序的主流核心技术。
适配动植物基因组、微生物基因组、人类基因组研究，依托超长读长优势，跨越二代测序无法覆盖的重复序列、着丝粒、端粒及高GC复杂区域，实现基因组近完整无缺口组装，精准检测大片段缺失、重复、倒位、易位等结构变异。
无需片段打断，直接读取完整mRNA、lncRNA全长序列，精准鉴定基因全长转录本、可变剪接亚型、融合基因、新转录本，彻底解决二代转录组片段拼接失真、亚型混淆的问题，真实还原样本转录组全貌。
无需亚硫酸氢盐转化等化学处理，直接在测序同时识别DNA 5mC、6mA等原生甲基化修饰，同步获取序列信息与表观修饰信息，实现基因序列与表观调控的联合分析，适配表观机制、环境胁迫、菌株表观调控等研究。
针对超长目的片段、复杂突变区域、基因融合位点、HLA分型、微生物全长分型等场景进行精准测序验证，弥补Sanger测序读长不足、NGS无法解析复杂结构变异的短板，是复杂基因位点鉴定的核心技术。
无偏倚获取微生物全长基因序列，精准区分近缘物种、菌株分型，完成微生物基因组完整组装，高效解析肠道、土壤、水体等环境菌群的物种组成、功能基因及结构变异信息。
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